El tercer avión secuestrado fue el 77 de American Airlines que impactó contra la esquina del Pentágono, en Virginia. El cuarto avión, que fue el vuelo 93 de United Airlines, no alcanzó ningún objetivo ya que los pasajeros y tripulantes intentaron recuperar el control y, debido a eso, se estrelló en un campo abierto, en Shanksville, Pensilvania.
Aparte de los 19 secuestradores hubo unas 2.973 personas fallecidas confirmadas y unas 24 continúan desaparecidas como consecuencia de los dichos atentados.
Este atentado se caracterizó por el empleo de aviones como armamento, creando una situación de temor mayor en todo el mundo occidental y dando comienzo a la guerra contra el terrorismo. Los atentados del 11 de septiembre del 2001 fueron descritos por el Consejo de Seguridad de Naciones Unidas como “horrendos ataques terroristas”.
Algunos pasajeros y miembros de la tripulación de los aviones secuestrados pudieron llamar con sus teléfonos móviles, informando de que había varios secuestradores en cada avión. Un total de 19 fueron más tarde identificados por el FBI, cuatro en el vuelo United 93 y cinco en los otros tres vuelos.
Según revelaron los testimonios desde los propios aviones, los secuestradores habían tomado el control de éstos usando simples navajas con las que mataron a azafatas de vuelo y al menos a un piloto o pasajero. Según las investigaciones de la Comisión del 11-S, se tiene constancia también de que fue usado algún tipo de espray para retener a los pasajeros en la cabina de primera clase. Asimismo se amenazó con la presencia de una bomba en tres de los aviones; no fue así en el American Airlines 77. Según las conclusiones de esta comisión, se piensa que los avisos de bomba eran probablemente falsos.
En el cuarto avión, la caja negra reveló que los pasajeros, después de enterarse de que el resto de aviones habían sido estrellados deliberadamente, trataron de retomar el control de los aparatos, a lo que los secuestradores reaccionaron moviendo el avión en un fallido intento para someter a los pasajeros. De acuerdo con la grabación 9-11, uno de los pasajeros, Todd Beamer, pidió a la persona con quien hablaba por teléfono que rezara con él y al finalizar simplemente dijo “let’s roll”. Poco después, el avión se estrelló en un campo cercano a Shanksville en Pensilvania a las 10:03 hora local. Posteriormente el líder de Al Qaeda capturado Khalid Shaikh Mohammed dijo que el vuelo 93 tenía como objetivo el Congreso de los Estados Unidos.

Cronología de
los atentados
Las muertes se contaron por miles, pereciendo exactamente 2.973 personas, incluyendo 246 muertos en los cuatro aparatos estrellados (ninguno de los pasajeros de los aviones secuestrados sobrevivió), 2.602 en Nueva York muertos tanto dentro de las torres gemelas como a sus pies, y 125 muertos dentro del edificio del Pentágono. Entre las víctimas se contaban 343 bomberos del Departamento de Bomberos de Nueva York, 23 policías del Departamento de Policía y 37 policías de la autoridad portuaria de Nueva York y Nueva Jersey. A fecha de hoy, aún permanecen 24 personas más entre la lista de desaparecidos.
Según las cifras presentadas por el Departamento de Salud en enero de 2002, 247 latinos estuvieron entre los muertos del atentado terrorista de Al-Qaeda contra las Torres Gemelas, representando un 9% del total. De estos, 25 eran nacionales de la República Dominicana, 18 de Colombia, 13 de Ecuador, 6 de Cuba, 4 de Argentina y 1 de Chile. En otros sitios, se habla de 15 muertos de México, así como otros de El Salvador, Honduras, Jamaica, Perú, Venezuela, Paraguay y Guyana.

El derrumbe del World Trade Center
Tres edificios en el complejo del World Trade Center se derrumbaron debido a fallos estructurales en el día de los ataques. La Torre Sur cayó a las 9:59 (hora local en Nueva York), tras estar en llamas durante 56 minutos en un fuego causado por el impacto del vuelo 175 de United Airlines a las 9:03.
La Torre Norte cayó a las 10:28, tras estar en llamas aproximadamente 102 minutos en un fuego causado por el impacto del vuelo 11 de American Airlines a las 8:46.
Un tercer edificio, el World Trade Center 7, se derrumbó a las 17:20, al parecer tras haber sido seriamente dañado por los escombros de las Torres Gemelas al caer, junto con una serie de incendios. Numerosos edificios adyacentes al complejo también sufrieron daños sustanciales, se incendiaron y tuvieron que ser demolidos. El edificio del Deutsche Bank es la única estructura grande que sufrió daños e incendios en la zona cero que en 2006 aún no había sido totalmente demolida, aunque se espera que sea completada a mediados de 2007.
Una investigación técnica federal del edificio y de seguridad de los derrumbes de la Torres Gemelas y el WTC 7 fue realizada por el National Institute of Standards and Technology (NIST) del Departmento de Comercio de los Estados Unidos. Los objetivos de esta investigación, que tomó en cuenta la construcción del edificio, los materiales usados, y las condiciones técnicas que contribuyeron al derrumbe, se dieron por cumplidos el 6 de abril de 2005.
El informe concluye que la protección contra incendios de las infraestructuras de acero de las Torres Gemelas salió desprendida con el impacto inicial de los aviones y que, si esto no hubiera ocurrido, las torres probablemente habrían permanecido de pie. Los incendios debilitaron las vigas que sostenían los pisos, e hicieron que los pisos se combaran. A su vez, los pisos al combarse, tiraron de las columnas de acero exteriores hasta el punto que las columnas exteriores se inclinaron hacia el interior. Con los daños a las columnas principales, las columnas exteriores torcidas no pudieron soportar el peso de los edificios, produciéndose el derrumbe. Además, el informe afirma que los huecos de las escaleras de las torres no fueron reforzados adecuadamente para proporcionar una salida de emergencia para las personas que se encontraban por encima de las zonas de impacto. El NIST declaró que el informe final sobre el derrumbe del WTC 7 aparecería en un informe separado.17
Aparte del derrumbe de las Torres Gemelas y el WTC 7, otros 23 edificios fueron dañados. Actualmente al área ocupada por los restos materiales de las Torres Gemelas se la conoce como Zona Cero.
Daños
Aparte de las dos torres gemelas de 110 plantas cada una, cinco edificios del World Trade Center resultaron destruidos o seriamente dañados, entre ellos el edificio 7 del WTC y el Hotel Marriott, cuatro estaciones del metro de Nueva York y la iglesia cristiana ortodoxa de San Nicolás. En total, en Manhattan 25 edificios sufrieron daños y siete edificios del complejo de negocios del World Trade Center fueron arrasados. Más tarde, el Deutsche Bank Building situado en la calle Libery street y Borough of Manhattan Community College’s Fiterman Hall en el 30 de West Broadway tuvieron que ser demolidos debido al estado en que quedaron, que los hacía inhabitables.
Varios equipos de comunicaciones también sufrieron daños. Sin ir más lejos, las antenas de telecomunicaciones de la Torre Norte cayeron con su derrumbe, mientras que otras antenas de radio de torres colindantes resultaron también gravemente dañadas.
En el condado de Arlington, una porción del Pentágono fue severamente dañada por el fuego y el impacto del avión. Al cabo de un rato, una sección entera del edificio se derrumbó.

Efecto potencial
en la salud
Las miles de toneladas de escombros tóxicos resultado de la caída de las Torres Gemelas están compuestos por: un 50% de material no fibroso y escombros de construcción; un 41% de vidrio y fibra; un 9´2% de celulosa y un 0´8% de asbesto,30 plomo y mercurio. Además se liberaron niveles sin precedentes de dioxinas y Hidrocarburos policíclicos aromáticos en los fuegos que ardieron durante los tres meses siguientes. Esto ha causado varias enfermedades en los equipos de rescate y reconstrucción que trabajaron en la zona cero, incluyendo la muerte del agente James Zadroga. Los efectos se han extendido también a la salud de los habitantes del Bajo Manhattan y la cercana Chinatown.
Según una especulación científica, la exposición a varios productos tóxicos y los contaminantes del aire circundante a las Torres tras el derrumbe del WTC podría tener efectos negativos en el desarrollo fetal.
Debido a este riesgo potencial, un notable centro de salud de niños está actualmente analizando a los hijos de madres que estaban embarazadas durante el derrumbe del WTC y que vivían o trabajaban cerca de las torres. El personal de este estudio evalúa a los niños usando test psicológicos cada año y entrevista a las madres cada seis meses. El propósito del estudio es determinar si hay diferencias significativas en el desarrollo y la salud de los niños de las madres que estuvieron expuestas a los productos tóxicos, frente a niños cuyas madres no estuvieron expuestas a la contaminación.
En mayo del 2007 el máximo responsable forense de Nueva York, Charls F. Hirst admitió que la muerte de una abogada se debió a la exposición a la nube tóxica, lo que constituyó el primer reconocimiento oficial de una muerte como consecuencia del polvo tras la caída de las Torres Gemelas. Declarando que: “Casi con toda certeza, más allá de una duda razonable, la exposición al polvo del World Trade Center contribuyó a la muerte de Dunn-Jones”. Un total de 7.300 trabajadores de la zona cero presentaron denuncia y reclaman compensaciones a la ciudad por la exposición y manipulación de las sustancias tóxicas de las Torres.