En la biografía de Mariana de Jesús, que escribió en 1724 el gran escritor padre Jacinto Moran de Butrón, se trató de Fernando de Ribera, quien, de jesuita, tomó el hombre de Hernando de la Cruz. "Hechos los votos del Bienio, según las Constituciones de la Compañía, le ocupó la obediencia en el ejercicio de pintar, a que acudió con toda prontitud y gusto.

Era primoroso en este arte, y cuando dibujaba el pincel en el lienzo, lo ideaba antes con la meditación y oración. A su trabajo se deben todos los lienzos, que adornan la Iglesia, los tránsitos y aposentos".

Este pasaje llevó a pensar que los grandes cuadros de los profetas que adornan las pilastras de la Compañía de Jesús fueron pintados por el jesuita, y no por Goríbar, a quien siempre se habían atribuido. Una extensa y agria polémica se resolvió cuando se anotó que la iglesia que se decoró con los cuadros de Hernando de la Cruz no es la que hoy admiramos.
El hermano jesuita generalmente no firmaba sus telas, y no ha habido un trabajo serio para tratar de establecer un listado más o menos considerable de lo que pintó. Lo poco que se ha logrado identificar muestra que conocía los secretos de la mejor pintura española del tiempo; así el retrato que hizo de Mariana de Jesús, su dirigida espiritual, que se conserva en el Carmen Antiguo. En el hermosísimo retrato se funden admirablemente devoción de rostro y gesto con amable realismo, vivo y hasta sensual en algún detalle de la faz. Y las carnaciones de rostro y manos se destacan en fuerte claroscuro sobre el hábito de la joven.

Para Hernando de Cruz, jesuita al fin, más que para cualquier otro pintor del siglo, pintar era una forma más plástica y durable de predicar. En esta línea catequética o edificante, de la que es el fundador de la Pintura Quiteña, sus dos obras más celebradas fueron los lienzos grandes que se colocaron a la entrada de la Iglesia de la Compañía, a los lados del coro.

Con todo las más hermosas telas son imágenes de santos, en su mayor parte jesuitas. No sólo pintó sino que enseñó a pintar. En la casa de los jesuitas, dentro de la clausura, reunió a un grupo de seglares a los que inició en la pintura concebida como acto de culto religioso y ejercicio de predicación sagrada. Rasgo que la Escuela Quiteña debe a Hernando de la Cruz es esta manera de vivir la obra, actitud que se tradujo en una pintura de intensa devoción y ortodoxo sentido católico.
Hernando de la Cruz murió en 1647.