Pese a este episodio, la suerte de Puyo no estaba echada, pues en el mismo sitio donde quedaron las cenizas de aquel flagelo, 32 años después se fundó la ciudad de Puyo, exactamente un 12 de mayo de 1899 y desde aquel entonces esta pequeña población, que en sus inicios tuvo sus primeras casas construidas con cubierta de paja y de chonta, poco a poco a ido mutando y evolucionando conforme a la generosidad natural de  su entorno.
Con la llegada de los primeros colonos en los albores del siglo 20,  la fusión indio mestiza empezó a darse, los indígenas que fueron los primeros 
En los documentos se encuentra que la primera fundación de Puyo se habría realizado en el año 1889, es decir diez años antes de la versión oficial que dice que Puyo habría sido fundado un 12 de mayo de 1899 por el Padre Dominico Álvaro Valladares.
Desde su fundación el pequeño caserío fue creciendo con la llegada de ecuatorianos que arribaron de otras provincias para habitar. El primer colono que llegó a Puyo, allá por el año de 1900 fue Lucindo Ortega Moya.
Recientemente llegado Ortega motivó para que vinieran a radicarse en el pequeño pueblo dos familiares;  Belisario Carrillo y  Ángel Manzano. 
Estos dos últimos llegaron con sus familiares, pues Lucindo Ortega que falleció el 4 de enero en Píllaro, no dejó descendencia  directa ya que nunca se casó y tampoco ha registrado haber tenido hijos.
En los primeros años ya con la formación que el pueblo empezó a adquirir, la construcción de las casas se amplió. En los inicios hubo algunas casas de indígenas: aquí habitaban las familias Vargas, Santi, Villamil, Aranda, Gualinga, Canelos, Cerda, entre otras que, que se situaron en las vías a Napo, a Canelos, a La Unión Base y hacia el sector del Pindo.
Pero en lo que hoy es el parque central 12 de Mayo, también los primeros colonos construyeron sus casas. En sus inicios estas casas eran similares a las construidas por los indígenas, con cubierta de paja y de chonta. En estas construcciones poco a poco se fue introduciendo la madera.
Pero el crecimiento de esta población no se frenó allí, ya que a medida que los años pasaban Puyo fue ampliando su crecimiento a otros sectores. Otros barrios se empezaron  formar al ritmo de la una sociedad que cada vez era mayoritaria.
Al tiempo que el crecimiento de lo que a principios de siglo fue un caserío se fue haciendo evidente, aparecieron algunos iconos de la ciudad actual. La iglesia, El Club Deportivo Cumandá, Radio Nacional Espejo, El hotel Puyo. Luego llegaron las mejoras en la carretera Baños- Puyo, hecho que dinamizó el crecimiento de la ciudad, que hoy posee una de las tasas de crecimiento poblacional más altas. 
En sí,  un sin número de referentes que le empezaron a dar la identidad propia a una ciudad que hoy al cumplir sus 109 años de fundación se levanta altiva y orgullosa de sus orígenes y le apuesta al desarrollo como la única alternativa para afrontar el presente y pensar en el futuro.