La carrera de Fernando Villavicencio Valencia se distinguió por investigar diferentes casos de corrupción en la gestión del expresidente Rafael Correa Delgado, quien gobernó en el periodo 2007-2017. Lo mismo ocurrió durante el mandato de Lenín Moreno Garcés y Guillermo Lasso Mendoza.
Siempre tuvo acceso a información privilegiada, lo cual le permitió hacer graves denuncias. Por ejemplo, los casos Odebrecht, INA Papers, Arroz Verde y lo de Julian Assange en la Embajada ecuatoriana en Londres. Lo último fue lo de los candidatos con supuestos nexos con el narcotráfico. A continuación, las cinco denuncias claves que causaron repercusión en la opinión pública del país:
1.Odebrecht: Villavicencio dirigió una investigación sobre los sobornos de Odebrecht en Ecuador. Las coimas fueron por 40 millones de dólares.
2.Presunto peculado y espionaje en el caso Assange: Villavicencio acudió a la Fiscalía para denunciar presuntas irregularidades en el caso del asilo del fundador de WikiLeaks, Julian Paul Assange, en la Embajada ecuatoriana en Londres.
3.INA Papers: Descubrió el caso INA Papers, en 2019, por un posible delito de cohecho supuestamente cometido entre 2010 y 2018 y que vincularía al expresidente Lenín Moreno.
4.Arroz verde: Junto con el periodista Christian Zurita, investigó el caso ‘Arroz verde’, en 2019. Entregaron a la Fiscalía documentos que certificaron el ingreso de aportes de empresas multinacionales a la campaña de Alianza PAIS de 2013 para la reelección de Rafael Correa.
5.Candidatos vinculados al narcotráfico: En enero del presente año, el Frente Parlamentario Anticorrupción presentó una denuncia ante la Fiscalía General del Estado en contra de 20 personas. La mayoría candidatos a autoridades seccionales para el proceso electoral de febrero. Los legisladores hicieron públicos algunos nombres y anunciaron que presentarán más nombres en los próximos días.